ข้อเสียของหมึกสีย้อมคือไม่กันน้ำ และเนื่องจากโมเลกุลของสีย้อมสลายตัวอย่างรวดเร็วภายใต้รังสีอัลตราไวโอเลต หมึกจะจางลงอย่างเห็นได้ชัดภายในหนึ่งเดือนหลังจากใช้งานกลางแจ้งภายใต้รังสีอัลตราไวโอเลต
ข้อเสียคือหมึกสีส่วนใหญ่จะทำให้เกิดวัสดุสีตกค้างบนพื้นผิว ดังนั้น แม้แต่การพิมพ์บนกระดาษมันและกระดาษอื่นๆ ที่มีพื้นผิวเรียบก็ไม่สามารถพิมพ์ภาพมันได้ ซึ่งเป็นสาเหตุที่สิ่งที่พิมพ์ด้วยหมึกสีมักไม่มีความมันวาว นอกจากนี้ ต้นทุนการผลิตของหมึกสียังสูงกว่า ดังนั้นราคาขายจึงสูงกว่าหมึกสีย้อม และราคาแตกต่างกันมากกว่าสองถึงสี่เท่า
