สีย้อมในหมึกสีย้อมละลายอย่างสมบูรณ์ในหมึกด้วยวิธีโมเลกุลเดียว และอนุภาคของสีนั้นมีขนาดเล็กและง่ายต่อการละลายในน้ำหรือตัวทำละลายเคมีอื่นๆ โครงสร้างดังกล่าวทำให้หมึกสีย้อมปิดกั้นหัวฉีดได้ยาก แม้ว่าจะอุดตัน แต่ก็ค่อนข้างง่ายที่จะขุดลอกหัวฉีด อย่างไรก็ตาม สีย้อมของหมึกสีย้อมมีอนุภาคที่ชอบน้ำจำนวนมากและละลายได้ง่าย ด้วยวิธีนี้ เมื่อต้นฉบับที่พิมพ์ไปสัมผัสกับน้ำ สีที่ติดอยู่ก่อนหน้านี้บนสื่อจะถูกละลายอีกครั้งและกระจายไปตามกระแสน้ำ ทำให้เกิดรัศมีที่รุนแรง นี่คือสาเหตุหลักที่ทำให้หมึกสีย้อมกันน้ำได้ไม่ดี ในเวลาเดียวกัน สารให้สีของหมึกสีย้อมจะสัมผัสกับอากาศโดยตรง ภายใต้การกระทำของแสงและโอโซน ห่วงโซ่เคมีของสีย้อมอาจแตก ทำให้เกิดการเปลี่ยนสีของสีและปรากฏการณ์อื่นๆ ทำให้ต้นฉบับที่พิมพ์ซีดจาง ซึ่งส่งผลต่อประสิทธิภาพการถนอมรักษา
โครงสร้างของหมึกสีเหมือนกัน และสารสีก็คืออนุภาคของแข็งขนาดเล็กบางส่วน เพื่อให้สีที่เป็นของแข็งเหล่านี้กระจายอย่างสม่ำเสมอในหมึก จะต้องเติมอิมัลซิไฟเออร์เพื่อทำให้สารสีถูกห่อด้วยส่วนประกอบเรซินพิเศษ ด้วยความช่วยเหลือของอนุภาคที่ชอบน้ำจำนวนเล็กน้อยบนชั้นเรซิน หมึกจะถูกทำให้เป็นอิมัลชัน และสารสีจะถูกระงับในหมึก เนื่องจากสารสีไม่ละลายในน้ำ เมื่องานพิมพ์สัมผัสกับน้ำ สารสีจึงไม่เคลื่อนตัวไปพร้อมกับน้ำ และความทนทานต่อน้ำของสีก็ดีขึ้นมากโดยธรรมชาติ สารแต่งสีของหมึกสีโดยทั่วไปจะเป็นแร่ที่มีการบดอัดสูงและมีความคงตัวที่ดีมาก นอกจากนี้ชั้นนอกของสียังห่อด้วยชั้นเรซิน เมื่อเผชิญกับแสงแดดและโอโซน สิ่งแรกที่ต้องทำลายคือชั้นเรซินด้านนอก และสารสีภายในไม่ได้รับผลกระทบ จึงไม่ซีดจางง่าย
